library(adegenet)
library(ade4)
library(ape)
# leitura do arquivo de dados (FSTAT)
copaiba_ind <- read.fstat(file="copaiba.dat", missing=NA)
copaiba_ind
# estimativas de frequências alélicas
copaiba_pop <- genind2genpop(copaiba_ind)
# cálculo da matriz de distâncias
# distância genética de Nei (1972) ---> method=1
# distância genética de Edwards ---> method=2
# distância genética de Reynolds ---> method=3
# distância genética de Rogers (original) ---> method=4
# distância genética Prevosti ---> method=5
copaiba_nei72 <- dist.genpop(copaiba_pop, method=4)
copaiba_nei72
# Análise de coordenadas principais
copaiba_pco <- pcoa(copaiba_nei72)
copaiba_pco
biplot(copaiba_pco)
# obtenção dos valores cofenéticos
coph <- dist(cbind(copaiba_pco$vectors[,1], copaiba_pco$vectors[,2]))
coph
# correlação matricial e teste de Mantel
mantel.rtest(copaiba_nei72, coph, nrepet=10000)
# para inserir uma matriz de similaridade/distância qualquer
qualquer <- read.table(file="qualquer.txt", header=F, sep="\t")
sd_matriz <- as.dist(qualquer)
sd_matriz
# construção do dendrograma
tree <- hclust(copaiba_nei72, method="average")
plot(as.dendrogram(tree), main="Análise de divergência genética - Copaíba", horiz=TRUE)
# correlação cofenética
library(vegan)
cophd <- cophenetic(tree)
cophd
mantel.rtest(copaiba_nei72, cophd, nrepet=10000)
